MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Lactobacillus plantarum 16 plasmid Lp16I

Total Repeats: 268

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021528	TG	3	6	8	13	0 %	50 %	50 %	0 %	513846968
2	NC_021528	CAT	2	6	60	65	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	513846968
3	NC_021528	GAC	2	6	69	74	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	513846968
4	NC_021528	A	8	8	85	92	100 %	0 %	0 %	0 %	513846968
5	NC_021528	AGA	2	6	113	118	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	513846968
6	NC_021528	GCA	2	6	177	182	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	513846968
7	NC_021528	AAC	2	6	253	258	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	513846968
8	NC_021528	AAAAT	2	10	314	323	80 %	20 %	0 %	0 %	513846968
9	NC_021528	CCA	2	6	473	478	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	513846968
10	NC_021528	AAG	3	9	491	499	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	513846968
11	NC_021528	TCA	2	6	539	544	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	513846968
12	NC_021528	CCAGC	2	10	592	601	20 %	0 %	20 %	60 %	513846968
13	NC_021528	GAA	2	6	657	662	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	513846968
14	NC_021528	CCG	2	6	700	705	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	513846968
15	NC_021528	GAA	2	6	706	711	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	513846968
16	NC_021528	GAA	2	6	732	737	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	513846968
17	NC_021528	AGG	2	6	798	803	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	513846968
18	NC_021528	GAAC	2	8	821	828	50 %	0 %	25 %	25 %	513846969
19	NC_021528	AAG	2	6	913	918	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	513846969
20	NC_021528	GCCA	2	8	1059	1066	25 %	0 %	25 %	50 %	513846969
21	NC_021528	GTA	2	6	1117	1122	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	513846969
22	NC_021528	AAG	2	6	1132	1137	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	513846969
23	NC_021528	GA	3	6	1180	1185	50 %	0 %	50 %	0 %	513846969
24	NC_021528	T	6	6	1242	1247	0 %	100 %	0 %	0 %	513846969
25	NC_021528	TGT	3	9	1261	1269	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	513846969
26	NC_021528	CGG	2	6	1361	1366	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	513846969
27	NC_021528	CAT	2	6	1409	1414	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	513846969
28	NC_021528	TAAT	2	8	1725	1732	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021528	TCA	2	6	1743	1748	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_021528	ATT	2	6	1758	1763	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021528	GTTGA	2	10	1801	1810	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021528	T	7	7	1915	1921	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021528	ACG	2	6	2045	2050	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_021528	GTA	2	6	2068	2073	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021528	TTG	2	6	2126	2131	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021528	GTTAT	2	10	2168	2177	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021528	GTA	2	6	2363	2368	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021528	TTG	2	6	2387	2392	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021528	A	7	7	2402	2408	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021528	TTAT	2	8	2664	2671	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021528	GATA	2	8	2675	2682	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021528	ACA	2	6	2711	2716	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_021528	CAA	2	6	2808	2813	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_021528	A	6	6	2821	2826	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021528	TGT	2	6	2831	2836	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021528	TTA	2	6	2837	2842	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021528	CAA	2	6	2850	2855	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_021528	AAC	2	6	2899	2904	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_021528	TAT	2	6	2926	2931	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021528	TA	3	6	2958	2963	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021528	TAA	2	6	2974	2979	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_021528	GTATT	2	10	3001	3010	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021528	GAA	2	6	3045	3050	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021528	GT	3	6	3070	3075	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021528	AGTA	2	8	3087	3094	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_021528	TAC	2	6	3132	3137	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_021528	TTA	2	6	3148	3153	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021528	GTA	2	6	3177	3182	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021528	A	6	6	3281	3286	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_021528	AGA	2	6	3335	3340	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021528	CAGT	2	8	3393	3400	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
62	NC_021528	ACA	2	6	3437	3442	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_021528	AAC	2	6	3460	3465	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_021528	ACTTA	2	10	3584	3593	40 %	40 %	0 %	20 %	513846970
65	NC_021528	CGG	2	6	3596	3601	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	513846970
66	NC_021528	AGC	2	6	3603	3608	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	513846970
67	NC_021528	CGG	2	6	3733	3738	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	513846970
68	NC_021528	ATGG	2	8	3785	3792	25 %	25 %	50 %	0 %	513846970
69	NC_021528	ATA	2	6	3795	3800	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	513846970
70	NC_021528	TGAT	2	8	3875	3882	25 %	50 %	25 %	0 %	513846970
71	NC_021528	CT	3	6	3997	4002	0 %	50 %	0 %	50 %	513846970
72	NC_021528	CAC	2	6	4020	4025	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	513846970
73	NC_021528	TCA	2	6	4081	4086	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	513846970
74	NC_021528	TCCG	2	8	4091	4098	0 %	25 %	25 %	50 %	513846970
75	NC_021528	TGA	2	6	4123	4128	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	513846970
76	NC_021528	T	6	6	4148	4153	0 %	100 %	0 %	0 %	513846970
77	NC_021528	ACCA	2	8	4283	4290	50 %	0 %	0 %	50 %	513846970
78	NC_021528	CGA	2	6	4337	4342	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	513846970
79	NC_021528	T	7	7	4440	4446	0 %	100 %	0 %	0 %	513846970
80	NC_021528	CGC	2	6	4460	4465	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	513846970
81	NC_021528	ATT	2	6	4476	4481	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	513846970
82	NC_021528	TGA	2	6	4489	4494	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	513846970
83	NC_021528	GTAGC	2	10	4544	4553	20 %	20 %	40 %	20 %	513846970
84	NC_021528	T	7	7	4590	4596	0 %	100 %	0 %	0 %	513846970
85	NC_021528	TTGT	2	8	4643	4650	0 %	75 %	25 %	0 %	513846970
86	NC_021528	T	6	6	4688	4693	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021528	CG	3	6	4739	4744	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
88	NC_021528	TA	3	6	4795	4800	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021528	TAACC	2	10	4816	4825	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
90	NC_021528	TAG	2	6	4857	4862	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_021528	A	6	6	5008	5013	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021528	ATTT	2	8	5045	5052	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021528	C	6	6	5058	5063	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
94	NC_021528	TTCA	2	8	5098	5105	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_021528	GTGC	2	8	5119	5126	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
96	NC_021528	ATAAA	2	10	5145	5154	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021528	A	6	6	5179	5184	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021528	A	7	7	5204	5210	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021528	AGCT	2	8	5242	5249	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
100	NC_021528	TAAA	2	8	5293	5300	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021528	ATT	2	6	5397	5402	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021528	TGA	2	6	5510	5515	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	513846971
103	NC_021528	GCG	2	6	5623	5628	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	513846971
104	NC_021528	ACA	3	9	5644	5652	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	513846971
105	NC_021528	TAA	2	6	5681	5686	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	513846971
106	NC_021528	CAA	2	6	5709	5714	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	513846971
107	NC_021528	AAG	2	6	5737	5742	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	513846971
108	NC_021528	ATCA	2	8	5787	5794	50 %	25 %	0 %	25 %	513846971
109	NC_021528	AT	3	6	5797	5802	50 %	50 %	0 %	0 %	513846971
110	NC_021528	CAA	2	6	5814	5819	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	513846971
111	NC_021528	AAAAT	2	10	5826	5835	80 %	20 %	0 %	0 %	513846971
112	NC_021528	TTA	2	6	5896	5901	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	513846971
113	NC_021528	TAAAC	2	10	5909	5918	60 %	20 %	0 %	20 %	513846971
114	NC_021528	TGG	2	6	6083	6088	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_021528	TCA	2	6	6183	6188	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_021528	ACT	2	6	6302	6307	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_021528	GTA	2	6	6323	6328	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_021528	CAC	2	6	6334	6339	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
119	NC_021528	AAC	2	6	6392	6397	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_021528	AACT	2	8	6478	6485	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
121	NC_021528	GAA	3	9	6558	6566	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_021528	TGT	2	6	6574	6579	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_021528	CTAA	2	8	6642	6649	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
124	NC_021528	A	7	7	6660	6666	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_021528	ATTT	2	8	6692	6699	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_021528	GTT	2	6	6703	6708	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_021528	CCGC	2	8	6756	6763	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
128	NC_021528	CGTG	2	8	6766	6773	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
129	NC_021528	GCC	2	6	6776	6781	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
130	NC_021528	GCG	2	6	6835	6840	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_021528	CTAC	2	8	6984	6991	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
132	NC_021528	TAG	2	6	7008	7013	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
133	NC_021528	T	7	7	7074	7080	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_021528	ACT	2	6	7120	7125	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_021528	GTT	3	9	7338	7346	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	513846972
136	NC_021528	CAG	2	6	7354	7359	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	513846972
137	NC_021528	TAA	2	6	7374	7379	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	513846972
138	NC_021528	TTC	2	6	7517	7522	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	513846972
139	NC_021528	GTTTC	2	10	7554	7563	0 %	60 %	20 %	20 %	513846972
140	NC_021528	CATTT	2	10	7676	7685	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_021528	A	7	7	7699	7705	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_021528	ATG	2	6	7841	7846	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
143	NC_021528	ATC	2	6	7876	7881	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_021528	CTT	2	6	7905	7910	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_021528	GGC	2	6	7944	7949	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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149	NC_021528	A	6	6	8125	8130	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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151	NC_021528	AT	3	6	8202	8207	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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267	NC_021528	GTA	2	6	13140	13145	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
268	NC_021528	ACG	3	9	13223	13231	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.